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疾病相关菌检测


1.1研发检测平台

a 科学团队与学术思想

宁云生团队由高校教授、博士、企业管理人共同成立,团队从事胃肠道、呼吸道疾病的基础研究近20年,部分研究成果已成功转化。团队建立的研究平台由大学和医院协同成立并发展,结合了高水平的基础研究、原创性筛选模型,以及丰富临床资源,主要针对病因不清、无体外诊断方法、缺乏有效的治疗药物的胃肠道几大顽疾-顽固性便秘、溃疡性结肠炎、克罗恩氏病等开展深入研究。项目成员发现的顽固性便秘、溃疡性结肠炎、克罗恩氏病的致病菌在国际上属于首创,并建立了体外诊断方法和临床干预指导方法。团队的主要目标是研制原创的、国际领先的慢性胃肠病诊断试剂和治疗药物。

b 重大科学发现

我国肠胃疾病发病率约占人口的10-12%,仅次于高血压,其中约有40%患者长期受到肠胃病的困扰。最严重或最广泛的慢性肠胃病有:慢性便秘、溃疡性结肠炎、科罗恩氏病、肠息肉、肠癌等。最大的医学困惑是发病原因不清楚,无法提出诊断、预警和治疗,只能是对症治疗。本研发团队经过20年的潜心研究,以逆向翻译(reverse translation)的方法,分别发现了顽固性便秘、溃疡性结肠炎、克罗恩氏病的致病菌,并成功研制出特异性检测顽固性便秘和炎症性肠病的方法:针对致病菌研发的探针法荧光定量PCR检测方法。

c检测仪器和检测方法(工作原理)

采用探针法荧光定量PCR特异性检测致病菌。

检测仪器为ABI QS5ABI 7500ABI Viia 7Roche 480

检测原理:以致病菌特异性ORFs为靶区域,设计双靶标基因检测引物探针,并根据16S保守靶区域设计内参引物和探针,反应结束后分析各通道的阈值循环数(Ct)进行结果判断。同时,设计了监控PCR扩增效率的阳性质控品和阴性质控品,以保证检测结果的特异性和准确性。

d 图(照片)(仪器)

ABI QuantStudio 5.png      ABI 7300.png        ABI Viia 7.png

  ABI-Q5                                      ABI-7300                                         ABI Viia 7

 

1.2顽固性便秘菌PIB检测

a背景介绍

医学上认为便秘是一种肠道功能紊乱性疾病,主要表现为排便次数较少,粪便干硬,排便困难,肛门直肠有阻塞感,排便不尽感等。依据病程持续时间,可分为急性便秘(病程少于一周)和慢性便秘(持续大于3个月),慢性便秘又可根据发病原因分为原发性和继发性两类,继发性慢性便秘主要由某些药物或疾病引起(如帕金森综合征等),而原发性慢性便秘可分为三类:功能性便秘、肠易激综合征-便秘亚型和出口梗阻型便秘。

顽固性便秘是慢性便秘的一种严重情况,常规治疗对该类患者无效或疗效不佳,症状反复发作经久不愈,最终只能通过切除部分结肠的方式缓解痛苦。一般顽固性便秘需符合或部分符合以下症状:症状出现六个月以上;不用泻药很少出现稀粪;包括下列两项以上情况:超过25%以上排便有不尽感;超过25%以上排便费力;超过25%以上粪便为干球粪或硬粪;超过25%以上排便有阻塞感;超过25%以上排便需要其它辅助(如手指协助等);每周排便少于3次。

全球平均约10%的人群患有慢性便秘,部分是顽固性功能性便秘(IFC),无法治愈。顽固性便秘虽然不像恶性肿瘤等疾病一样立即危害人类生命,但其对健康的影响极为巨大,如与抑郁、心脑血管并发症、肛裂痔疮、肠癌等疾病密切相关。必需从人群中将IFC甄别出来,及早进行医学干预,避免不可逆病变发生。中国被检人群基数4-6千万人。

根据症状描述,目前对于顽固性便秘的诊断基本基于主观层面的判断,并没有行之有效的诊断方式。因此找到简单准确的诊断方式尤为重要,而本研究团队发现的顽固性便秘特异致病菌,以及以此研发的致病菌PCR检测方法,为临床提供了准确而便捷的诊断方式,起到早诊断早治疗的目的。

b检测方法

荧光定量PCR方法:采用高敏感探针法荧光定量PCR(专利技术)检测PIB菌的特异性DNA序列,评估粪便中PIB的感染情况。

c样品提供方法

粪便样本采集:对粪便的基本要求是:重量>1-2克、新鲜样本。

1取样需新鲜,因此排便时先准备保鲜膜备用。

2用保鲜膜袋盛放粪便,并挖取两块蚕豆大小块状粪便。

3、分别放入紫色圆柱状取样器中,储于低温冰箱或寄回。

SHIJI.jpg

d结果判读

利用ROC曲线法确定PIB菌感染情况,粪便样本扩增曲线呈对数增长且Ct<=32,同时阴性质控品扩增曲线对数增长且Ct>32,为阳性感染者;粪便样本扩增曲线呈对数增长且Ct>32,且阳性质控扩增曲线呈对数增长且Ct<=32,为无感染者。

e常见问题

问:我反复便秘半年多了,需不需要检测PIB菌?

答:建议做。

问:我反复便秘十几年了,需不需要检测PIB菌?

答:非常必要做,您是受检的重点人群。

问:我偶尔有便秘,需要做检测吗?

答:一般可以不做,如为保险起见也可做。如您的家人或共同生活在一起的人有慢性便秘,建议做。

问:我是怎么被PIB菌感染的?PIB菌会传染给其他人吗?

答:目前还完全不清楚PIB是如何感染人的,通过食物感染的可能较大。因PIB菌在粪便中含量极低、也容易死亡,一般不会传染给其他人。

问:如果查出我是PIB菌阳性,周围人会不会嫌弃我啊?

答:不会的,因为PIB不会传染。PIB菌感染比痢疾杆菌感染要轻微得多,您不会嫌弃一个痢疾病人吧。

问:我检测出PIB菌阳性,怎么办?

答:在医生的指导下,进行治疗、复检。现已有针对顽固性便秘致病菌PIB的治疗方案,若检测结果为阳性,可在定点医院接受治疗。

问:我检测PIB菌阴性,是不是就安全了?

答:先祝贺您,但不能百分之百保障您没有PIB菌感染。PIB菌在粪便中含量非常低、也容易死亡,一次检测不出来也是情理之中。因此,复检也是必要的。

问:PIB菌检测流程是什么?

答:厂家提供样品收集试剂盒,受检人或医务人员根据说明书收集粪便样品、冰箱保存,统一送检。检测完成后,提供检测结果报告。

问:收集粪便样品前应注意什么?

答:收集粪便前2-3天内,不应服用抗生素等影响肠道微生物的药物。

问: 粪便样本采集过程中的注意事项有哪些?

答:粪便样本采集试剂盒内样本保存液,未经打开,可于室温存储;若打开瓶盖,请置于冷藏保存,并尽快使用。检测所需粪便样本呈蚕豆大小,获得后需浸没于保存液中。

问:收集后粪便样本如何保存?

送检样本应尽可能新鲜,所以采集好样本后立即送检。如需多次采集或遇夜间,可于冰箱冷冻室内冻存,择日送达指定检测地点。

问:通过何种途径获知粪便PIB筛查结果?

答:如无特殊情况,检测结果将于7个工作日内以短信或邮件告知。

 

1.3溃疡性结肠炎致病菌检测

a背景介绍

溃疡性结肠炎是一个特发难治愈的慢性结肠粘膜溃疡性疾病,属于炎症性肠病的一种,溃疡性结肠炎在中国有150万人以上发病。粘膜炎症始于直肠,直至衍生到结肠近端,主要症状为血性腹泻,也可累及到肝脏,皮肤以及视觉等器官,重则癌变。溃疡性结肠炎现在的治疗目的主要是控制缓解症状和抑制炎症,但要治愈基本很难实现,关键在于其发病机理还不明确。

粘膜屏障损伤目前被认为是溃疡性结肠炎的最初表型,屏障的丢失会增加肠腔内抗原的获得,致病菌侵袭,这种功能紊乱是溃疡性结肠炎的因还是果目前还不清楚。而我们首次发现溃疡性结肠炎是条件致病菌KFQ菌感染并分泌毒素引起的,提出了溃疡性结肠炎的病原新机制,并建立了独特的体外分析和检测致病菌的筛选方法。

b检测方法

荧光定量PCR方法:采用高敏感探针法荧光定量PCR(专利技术)检测KFQ菌的特异性DNA序列,评估粪便中KFQ的感染情况。

c样品提供方法

粪便样本采集:对粪便的基本要求是:重量>1-2克、新鲜样本。

1取样需新鲜,因此排便时先准备保鲜膜备用。

2用保鲜膜袋盛放粪便,并挖取两块蚕豆大小块状粪便。

3放入取样器中,储于低温冰箱或寄回。

d结果判读

利用ROC曲线法确定KFQ菌感染情况,粪便样本扩增曲线呈对数增长且Ct<=32,同时阴性质控品扩增曲线对数增长且Ct>32,为阳性感染者;粪便样本扩增曲线呈对数增长且Ct>32,且阳性质控扩增曲线呈对数增长且Ct<=32,为无感染者。

e常见问题解答

问:我不定期腹泻是否需要查KFQ菌?

答:可以查,不明原因的腹泻,反复发作不易根治,则需要尽快查。

问:我已经诊断为溃疡性结肠炎,查KFQ菌还有用吗?

答:非常有用,研究团队得出溃疡性结肠炎患者中有90%的都是KFQ菌感染,因此如果尽快查出KFQ菌的存在,可进行对症下药,早诊断早治疗。

问:诊断为溃疡性结肠炎后,目前医院推荐的都是水杨酸类以及生物抗体药控制病情,你们的方法和治疗手段的优势在哪里?

答:研究团队长达5年的研究成果表明90%的溃疡性结肠炎都是有KFQ菌感染引起的,针对病因不清的诊断和治疗手段,我们是从病原学出发,针对性的杀死KFQ菌,从源头切断病原,从而达到根治的目的。

 

1.4克罗恩氏病相关致病菌检测

克罗恩氏病是另一种原因不明的炎症性肠病,全世界有超过500万人患者,在胃肠道的任何部位均可发生,但好发于末端回肠和右半结肠。本病和溃疡性结肠炎两者统称为炎症性肠病(IBD)。本病临床表现为腹痛、腹泻、肠梗阻,伴有发热、营养障碍等肠外表现。病程多迁延,反复发作,不易根治。本病又称局限性肠炎、局限性回肠炎、节段性肠炎和肉芽肿性肠炎。

临床表现为腹痛、腹泻、腹块、瘘管形成和肠梗阻,可伴有发热、贫血、营养障碍及关节、皮肤、眼、口腔黏膜、肝脏等肠外损害。本病可反复发作,迁延不愈。

本病多用水杨酸偶氮磺胺吡啶、肾上腺皮质激素或6-巯基嘌呤、生物制剂类等药控制活动期症状。解痉、止痛、止泻和控制继发感染等也有助于症状缓解,因病因不清,目前除肠镜外尚无准确简便的诊断方式,亦无有效治疗方法,因此本团队的研究成果发现克罗恩病的致病菌CDB尤为重要,针对其设计的探针法荧光定量PCR检测方法能成为克罗恩氏病目前最精准的诊断方式。本项目在发现致病菌基础上建立的诊断、治疗方法具有国际唯一性。

(正完善中)